Identifying setup components

Check of je alles hebt...

EN.... Controleer de verbindingen, of ze zoals in afbeelding hierboven zijn aangesloten. Klopt er iets niet, waarschuw je assistent.

EN.... Heb je alles?

Start EEG_Recorder in MATLAB (32bits)

1. Check if WIFI is available, on the recording Laptop.  This is necessary for MATLAB license verification.
2. Start MATLAB (32bits)
3. Make the content of the EEG_recorder folder, the current folder. See example on the right.

Switch your Mobilab amplifier on

• This to be able to test your connections later
• You can find your Mobilab amplifier in the picture above

START THE PROGRAM

• - by typing ‘eeg_recorder’ in the command window
• - by dragging eeg_recorder.m to the command window
• - Via the edit Mode. DANGER: ONLY USE THIS OPTION IF YOU REALLY WANT TO EDIT. Double clicking eeg_recorder.m and then clicking on the green ‘Run’‐button. This opens the eeg_recorder.m file in the editor.

EEG_recorder contains the following main functions:

• Record EEG
• Generate a live view of EEG in time domain and frequency domain
• Saves/Loads EEG to/from RAM and hard disk
• Analyze EEG data using several toolboxes

AANSLUITEN ELECTRODES

Lees eerst onderstaande aansluit procedure door VOORDAT je er aan begint

1. Selecteer een proefpersoon
2. Zoek nu de GAMMABox in de setup op. Aangesloten zijn:
• 4 meetelectrodes
• 1 gele ground electrode.
• 1 blauwe referentie electrode.
3. Plak een elektrodeplakker op de 4 meetelektrodes en verwijder de folie die de andere kant van het plakkertje beschermd.
4. Bevestig twee meetelektrodes op de rechterarm:
• Plak meetelektrode 1 op de Extensor Digitorum (afbeelding 7) Je kan deze vinden door een vuist te maken en je pols omhoog te bewegen.
• Plak meetelektrode 2 op de Palmaris Longus (afbeelding 7). Je kan deze vinden door een vuist te maken en je pols naar beneden te bewegen.
5. Bevestig nu meetelectrode 3 op de linkerpols. Draai de hand met de palm naar boven, de duim wijst nu naar links. Plak de electrode vast ongeveer 3 cm onder het polsgewricht links van de centrale peesbundels. Op de plek waar je de hartslag in je pols kan voelen.
6. Bevestig nu meetelektrode 4centraal op het voorhoofd, met het draadje horizontaal naar rechts.
7. Plak de gele groundelektrodenaast de centrale PFc electrode op het voorhoofd, met het draadje horizontaal naar rechts.
8. Zet alle draadjes met tape vast op de huid, zodat de spanning tussen de electrodes zelf en de draadjes wordt opgeheven en er niet aan de elektrodes zelf getrokken kan worden.
9. Haak de draadjes achter het rechteroor van de proefpersoon.
10. Vul de injectiespuit met de contactgel en vul alle elektrodes met de gel (zie afbeelding onder links).
11. Plaats een doperwt gel op de blauwe referentie-elektrode en clip deze op de rechteroorlel (zie afbeelding onder rechts).

Afbeelding: Het ‘gellen’ van de elektrodes.

Afbeelding 7: De spieren van de onderarm. De activiteit van de Extensor Digitorum en die van de Palmaris Longus worden in dit experiment gemeten.

INSTELLEN RECORDING-COMPUTER Module II :

Als alle elektrodes zijn bevestigd kan het signaal worden getest. Als je nu weer even naar jullie recording programma kijkt dan zien jullie dat standaard alle EEG en alle Marker(DIO) kanalen aanstaan. "Just to be save".

Voor dit experiment hebben we niet alle kanalen nodig dus er kunnen een paar uit worden gezet. (zie afbeelding 8).

Afbeelding 8: Het selecteren van EEG en markerkanalen in EEG_Recorder.

1. Activeer channels 1 t/m 4, Klik dus channels 5 t/m 8 uit. Zie afbeelding! Er zijn 4 rode meetelektrodes aangesloten dus moeten er ook 4 kanalen worden gemeten. 
2. NOTE: de gele ground en de blauwe reference electrodes worden niet als data opgeslagen maar zijn er om alle meetelectrodes van ground en referentie te voorzien.
3. Check of de aangesloten elektrodes inderdaad naar Channel 1, 2, 3 en 4 op de GAMMABox (zie setup overview) gaan.
4. Klik alle markers (DIOs) uit, Zie afbeelding 8. Deze hebben we alleen nodig in het experiment van MODULE III, waar ook de functie van de markerkanalen wordt gegeven.

Afbeelding 9: Het interactieve ‘Live view’ instellingspaneel van de EEG_Recorder.

1. ‘Preview sample length’ = 1024 samples. Er worden 1024 datapunten op het scherm getoond. Met een sampling rate van 256 samples/s komt er 4 seconden data van elke elektrode in beeld.
2. ‘Channel spacer’ default = 1. Hoe kleiner de channel spacer, hoe meer de signalen uitvergroot worden. Laat de Channel Spacer voor het motoriekpracticum op 1 staan.
3. Hou de ‘FFT sample length’ gelijk aan de ‘Preview sample length’. De FFT wordt dan berekend over het signaaldeel dat op het scherm wordt weergegeven.
4. Zet de ‘FFT frequency range’ van 0.1 tot 60 Hz

Afbeelding 10: Het Clear/Start/Stop menu van de EEG_Recorder.

Zet de ‘Time to record (s)’ op de gewenste tijd.

1. Zet voor het testen de tijd op 3600 seconden. je hebt dan 1 uur voordat de meting uit zichzelf stopt.
2. Aan het einde van deze tijd stopt de acquisitie en kan het signaal worden gesaved.
3. Het is altijd mogelijk om eerder te stoppen (zie beneden: Stop EEG).
4. Note: sample frequentie = 256 samples/s 

• CLEAR: Voor een meting wordt gestart gooit CLEAR de buffer (dus je tijdelijke dataopslag) en het scherm leeg. De instellingen blijven behouden.
• LET OP: Gebruik nooit CLEAR als je de data nog moet saven! Je bent dan alles kwijt.
• Start EEG: De acquisitie start.
  • LET OP: Wees geduldig. Het duurt even (enkele seconden) voordat het signaal ook werkelijk verschijnt op het scherm en de groene LED op de MOBILab continue brandt.
  • De opname stopt automatisch als de ’Duration acquisition’-tijd is verstreken.
  • De hele registratie van alle 8 kanalen (ook de niet gemeten kanalen) verschijnt dan in beeld
  • SAVE de data: File > Save.
  • LET OP: Niet gesaved is alle data weg! Doe dit dan ook meteen, ga daarna pas discusseren, praten, etc.
• Stop EEG: Als je tijdens de acquisitie de meting wilt stoppen voordat de ‘Duration acquisition’ tijd is verstreken.
  • Let OP: Wees geduldig. Het duurt even (enkele seconden) voordat de meting is gestopt. Pas als de hele registratie van alle 8 kanalen (ook de niet gemeten kanalen) in beeld verschijnt, kan je de geregistreerde data SAVEN. Wacht hierop voordat je IETS anders doet.
  • SAVE de data: File - Save, in de folder die door het programma wordt geopend, de data folder.
• Save to Ram & ... is standaard ingesteld en hoeft niet te worden aangepast.

Kijk nu eerst naar de twee EMG signalen

1. Start een nieuwe meeting met een tijdsduur van 3600 seconden
2. Evalueer het signaal. Is het nog steeds goed?
3. Laat de proefpersoon nu eerst een paar keer de pols alternerend naar boven en naar beneden bewegen met steeds een paar seconden ertussen.
4. Bekijk wat dit doet met het signaal.
5. Laat de proefpersoon ook een paar keer met maximale kracht een vuist maken.
6. Bekijk wat dit doet met het signaal.

Kijk nu naar het ECG signaal

1. Start een nieuwe meeting met een tijdsduur van 3600 seconden
2. Evalueer het signaal. Is het nog steeds goed? geen 50 Hz?
3. Het ECG signaaal krijg je het best in beeld als de proefpersoon de linker arm laat rusten op de tafel.

Nu gaan we kijken naar de meting van de frontale electrode

1. Start een nieuwe meeting met een tijdsduur van 3600 seconden
2. Evalueer het signaal. Is het nog steeds goed?
3. Laat de proefpersoon nu rustig voor zich uit kijken.
4. Bekijk wat er te zien is in het signaal.
5. Laat de proefpersoon nu 5 keer met de ogen knipperen.
6. Bekijk wat dat doet met het signaal.

We hebben nu gezien hoe we zowel EMG, ECG als EEG kunnen meten. In Module III gaan we deze kennis gebruiken in het feitelijke sensori-motor experiment, maar nu eerst nog het 'Fysieke Stress Experiment' 

Ga nu door met onderstaand experiment, daarna tijd voor pauze!

Dit experiment wordt uitgevoerd door één deelnemer van de groep

Extra materiaal:

• 1 tennisbal of gebruik de geltube om in te knijpen

De electrodeconfiguratie is zoals tijdens het testen van de signalen.

Sluit een proefpersoon aan! 

Test nu eerst het signaal

• Start de EEG_recorder weer op (zoals eerder)
• Maak eerst het signaal zoveel mogelijk storingsvrij (trouble shoot als nodig).
• Het signaal moet er ongeveer uitzien als in afbeelding 11, met een extra spierkanaal.
• Als het signaal naar tevredenheid is stop dan de meting, CLEAR de buffer en het scherm.

Afbeelding 11: Zoals de meting eruit kan zien. Hier kanaal 1: hartslag, Kanaal 2: EMG en kanaal 3: Frontaal met Oogknippers

Doe nu het feitelijke experiment

Geef nu de proefpersoon de tennisbal of de geltube in de rechterhand. Laat de tube op de tafel staan en knijp de tube losjes tussen de wijsvinger en de duim. Hou de andere vingers in een vuist. Laat de proefpersoon nu naar een leeg/wit scherm naar de in het midden geplaatste cursor kijken om oogbewegingen zoveel mogelijk te voorkomen en verstoringen te vermijden.

• Start een nieuwe meting met een duur van 1 uur .
• Wacht eerst minimaal 60 seconden voor een stabiele ‘baseline’, zonder de tube al in te knijpen.
• Laat vervolgens de proefpersoon zo hard mogelijk in de tube knijpen en dit 5 minuten volhouden (dus houd de tijd bij).
• Niet even loslaten maar continue blijven knijpen. 
• Ontspan na 5 minuten, of eerder als de proefpersoon niet meer kan, maar hou de tube nog wel lichtjes vast.
• Meet nadat de proefpersoon gestopt is met samenknijpen nog minimaal één minuut door.
•  
• Daarna wederom knijpen maar nu elke minuut even loslaten en meteen weer knijpen. 
• Laat de proefpersoon dat 5 keer herhalen
• Meet uiteindelijk nog minimaal één minuut door.  
• Stop de meting.
• SAVE de data!
• Overleg even met je assistent of er nog tijd is om dit experiment te herhalen met andere personen in de groep.
•  
• Deze data gaan we analyseren in de eerste laptop werkgroep.
• Zorg daarom dat iedereen in de groep de data heeft!

Dit experiment wordt uitgevoerd door één deelnemer van de groep. Iemand anders dan in Module II

We gaan nu de volledige setup die voor jullie staat gebruiken; Materialen:

• Twee laptops (Recording en stimulatielaptop)
• Vier meetelektrodes en een ground en referentie electrode
• Meetapparatuur
• EEG-gel, elektrodeplakkertjes, tape

STIMULUS COMPUTER

Om de key-presses te kunnen registreren en te koppelen aan de spierpotentialen gebruiken we het stimulatieprogramma 'Stimulus Presenter' op de stimulus computer. Stimulus Presenter is ontwikkeld door Erwin Diepgrond, nav het EEG-practicum in zijn 2e jaar van de opleiding Psychobiologie. "Moeten we daarmee werken, dat kan toch veel beter?" En ja, het kon veel beter.

'Stimulus Presenter' kan plaatjes laten zien, geluid afspelen, tekst laten zien etc etc. Verder kan het ook reacties van de proefpersoon opslaan

De Experimentele opzet: De bijdrage van 'stimulus presenter'

• De onset detecteren van elke uitgestuurde toon
• De onset detecteren van elke gemaakte 'key press'

Opslaan van 'events'

• Zowel de keypress als de toon onset worden omgezet in digitale pulsen
• Deze pulsen wordt uitgestuurd naar de Digital Input/Output (DIO) box
• Via een door ons geselecteerde poort op de DIO wordt een marker (TTL) uitgestuurd naar de EEG-recording computer.
  • TTL, kort voor Transistor-Transistor Logic is een standaard digitale communicatiepuls tussen electronische apparaten en circuits.
  • Het ontvangende apparaat leest het ontvangen signaal (0= maximaal 0.8 Volt, 1 = minimaal 2.0 Volt) uit.
• Op deze manier zetten we markers onder het EEG/EMG signaal in de recording Laptop in relatie tot de onset van de keypresses en de geproduceerde tonen op de stimulus computer.
• Het programma 'EEG_recorder' kan de EEG/EMG data op grond van die marker onset knippen en daarmee individuele ERPs produceren.
• De geknipte ERPs kunnen dan worden gemiddeld, zoals jullie gaan zien in de thuisopdracht voorafgaand aan dagdeel 2.

Daarvoor dienen we 'Stimulus Presenter' op de stimulus computer zo te configureren dat deze de start van elke keypress en de onset van elke uitgestuurde toon doorgeeft aan de recording computer.

Nu hebben we het experiment voor jullie voorgekookt. Tijdens het 2e jaars Experimentele Psychologie en EEG practicum gaan jullie zel een eigen experiment in elkaar zetten.

• Start MATLAB 64-bits. Stimulus presenter draait alleen in een 64 bits omgeving.
• Zorg dat de ‘Current Directory’ in MATLAB verwijst naar het programma ‘MSP_Oct3_2021_BeepBoop_2tasks_markers' op de desktop.
• Laad nu het programma door 'start.m' naar het ‘Command Window’ te slepen. Het programma start op.
• We gaan nu alleen de 'start experiment' functie gebruiken.
• Uitleg over alle functies van 'Stimulus Presenter' kan je HIER vinden, als je een kijkje zou willen nemen.

Afbeelding 12: Stimulus Presenter Startmenu

INSTELLEN VAN DE EEG_RECORDER SOFTWARE

Elke keer dat een specifieke toets wordt ingedrukt op de stimuluslaptop of dat er een toon wordt afgespeeld worden er TTL-pulsen via de DIO-box naar de recordingcomputer gezonden. Deze wordt echter alleen door de EEG_recorder opgenomen als de desbetreffende Marker kanalen (DIO) in de EEG-recorder zijn aangezet (afbeelding 13). De verbinding tussen de DIO-box en de recording-PC is reeds gemaakt. In tegenstelling tot de EEG-kanalen worden de DIO-kanalen alleen opgeslagen als ze aan staan.

Afbeelding 13: TTL-puls panel in EEG_recorder. In dit panel kun je kiezen welke markers je gebruikt. In het sensori-motor experiment hebben we alle 6 marker kanalen nodig                     .

Testen connectie stimulus computer met de recording computer

Zet nu de EEG-Recorder weer aan zonder aangesloten proefpersoon

Selecteer op de stimulus laptop de Marker test!.

• Selecteer 'Start Experiment' op de stimuluslaptop
• In de linker box staan een aantal becshikbare programma's
• Selecteer het 'Marker Test' programma
• Click op 'Start Experiment'
• De connectie met de DIObox wordt geconfigureerd en de DIOkanalen worden geladen.
• Het scherm wordt daarna eerst zwart en het kan lang duren (seconden tot minuten) voordat het programma is geladen. WEES GEDULDIG!!! Is het scherm volledig zwart dan komt het echt goed, als je maar nergens aankomt. Dus laat je muis en het toetsenbord met rust!!!
• Als er text op het beeldscherm verschijnt staat het experiment klaar
• Volg de instructies op het scherm
• Kijk op de EEG-recorder registratie of de markers worden geregistreerd! Alle 6 Marker kanalen gaan 1 voor 1 aan en dat 10 keer.

Het Marker test programma stopt vanzelf.

Stop nu de EEG_Recorder en Sla de file op    

Als de marker test succesvol is verlopen dan kan het echte sensori-motor experiment starten

Stop nu het Stimulus_presenter programma

HEEL BELANGRIJK:   Sluit nu MATLAB64bits af.

Start nu Matlab64bits weer op en start ook het programma 'MSP_Oct3_2021_BeepBoop_2tasks_markers' weer op!

Pak nu de EEG-Cap, roep een van de begeleiders erbij en laat je uitleggen hoe de electrodes te plaatsen

Kies nu uit je groep een nieuwe proefpersoon.

• De EEG electrodes (meetelectrodes 1 en 2) worden aangesloten op lokatie C3 en FCZ en de gele elektrode (de ground) op CZ
• Zet bij de proefpersoon de EEG cap met de geplaatste elektrodes op het hoofd.
• Bepaal Inion en Nasion (zie afbeelding 14) en verzet de Cap zodat de CZ locatie op de cap halverwege zit tussen deze twee locaties. Dit is de internationale standaard van plaatsen van electrodes, het 10-20 systeem.

Afbeelding 14: Links de locatie van CZ elektrode t.o.v. Nasion en Inion. Rechts de standaard plaatsingsmogelijkheden van de elektrodes.

• Plak meetelectrode 3 op de Digitorum extensor
• Plak meetelectrode 4 op de Palmaris longus
• Plak weer alle draadjes van de elektrodes vast met tape zodat ze niet kunnen breken.
• Zet ook de referentie vast op de oorlel.
• De gele aarde elektrode zit nu in de Cap op locatie Cz
• Maak contact met de huid op alle elektrodes (Zie afbeelding 15)

Afbeelding 15: Het ‘gellen’ van de elektrodes.

• Laat de EEG_recorder runnen en zorg voor een stabiel, storingsvrij signaal.
• De kwaliteit van het signaal moet er wederom goed uitzien.

HET SENSORI-MOTOR EXPERIMENT

Nu gaan we het feitelijke experiment uitvoeren, dat bestaat uit 3 afzonderlijke experimenten die je achter elkaar draait

En als je na de marker test Matlab niet opnieuw hebt opgestart: doe dan eerst onderstaande

Stop nu het Stimulus_presenter programma en sluit MATLAB64bits af.

Start nu Matlab64bits weer op en start ook het programma 'MSP_Oct3_2021_BeepBoop_markers' weer op!

Zet de EEG-Recorder klaar

• Maak één teamlid verantwoordelijk voor het verloop van de registratie tijdens het experiment
• Zet de eerste 4 EEG kanalen aan
• Zet alle 6 marker kanalen aan
• Stel de looptijd van het recording programma in op 1 uur (3600 seconden).
• Start de EEG_recorder.
• Check het signaal.

Selecteer nu het sensori2motorExperiment taak in het stimulus presenter start programma.

• Maak één teamlid verantwoordelijk voor het bijstaan van de proefpersoon tijdens het experiment
• Click op 'Start Experiment'
• De connectie met de DIObox wordt geconfigureerd en de DIOkanalen worden geladen.
• Het scherm wordt daarna eerst zwart en het kan lang duren (seconden tot minuten) voordat het programma is geladen. WEES GEDULDIG!!! Is het scherm volledig zwart dan komt het echt goed, als je maar nergens aankomt. Dus laat je muis en het toetsenbord met rust!!!
• Als er text op het beeldscherm verschijnt staat het experiment klaar.

Als alles klaar staat kan het van start

• EEG-recorder: Werkt alles en is het signaal nog naar wens: even een nieuwe meting starten (Stop, clear, start).
• Stimulus Presenter: Volg de instructies op het scherm.
• Het experiment duurt in totaal ongeveer 20 minuten. Laat de proefpersoon rustig het experiment uitvoeren.
• Na het starten van het experiment doet de proefpersoon in feite 2experimenten die achter elkaar doorlopen en die dus ook in 1 EEG_recording file kunnen worden opgeslagen.
• Het BeepBeepBoop experiment
• Het BeepBeep NoBoop experiment
• De proefpersoon klikt zelf door naar het volgende experiment
• In de tussentijd werken twee leden van het team aan de CANVAS quiz: Go-No Go Nieuwenhuis 2003 'on-campus' deel.

De taak op de stimulus laptop is afgelopen en na op 'C' van close te hebben gedrukt wordt in een window aangegeven dat de results file is opgeslagen. Wacht daarop! 

• Stop nu de EEG meting
• WEES GEDULDIG: Wacht tot alle informatie uit de buffer op het scherm is verschenen, dat kan even duren bij een lang experiment
• SLA DE RECORDINGDATA NU METEEN OP.
• BLIJF VOORALSNOG van de CLEAR BUTTON AF!.

Koppel de proefpersoon af

Copieer nu alle meetfiles naar je eigen drive en mededeelnemers

Note: Een emailprogramma accepteert geen .mat files. Deze worden gezien als gevaarlijk. Om .mat files toch te kunnen versturen kan je ze zippen.   

• De recording file kan je vinden op de EEG-Recorder Laptop
• In de folder waar je de file hebt gesaved.
• Waarschijnlijk in de data folder van het EEG_Recorder programma op de desktop
• De gedragsfile kan je vinden op de Stimulus laptop
• Op de desktop in de 'MSP_Oct3_2021_BeepBoop_2tasks_markers' folder, en dan bij results.
• File name: results_sensori2motorExperiment.csv

De 'on-campus' nabespreking

We bespreken hier alleen de analyse van de EMG. De analyse van het EEG volgt het zelfde patroon echter, niet alle parameters bij de EMG analyse zijn hetzelfde als bij een EEG analyse, dus denk zelf na wat je in het geval van een EEG analyse invult!

Als je onderstaande stappen hebt doorlopen en begrepen, verwijzen we voor de analyse van het EEG in relatie tot de tonen naar de ERP_ANALYSIS pagina. Daar staat meer uitleg over het hoe en waarom

Loop nu onder de stappen door om het EMG te analyseren.

DATA ANALYSE in 6 logische stappen

De dataanalyse verloopt in het algemeen in een aantal logische stappen.

• Wegfilteren van ongewenste frequenties
• Knippen van de data, waardoor individuele ERPs ontstaan
• Basislijncorrectie om de individuele ERPs rondom de 0-lijn te centreren
• Uitselecteren van relevante ERPs
• Middelen van de uitgeknipte en gecorrigeerde ERPs
• Visualisatie van de verkregen gemiddelde ERPs

Hieronder lopen we ze in volgorde door.

STAP 2: KNIPPEN VAN DE DATA 

De tweede stap is het knippen van de data in korte stukjes op basis van de onset van de keypress. Hiervoor gebruiken we de ‘Event cutter’.

• Open ‘Event cutter’ in de EEG_recorder onder tools. Deze ziet er zoals onder uit


Afbeelding : Event cutter Tool. Voor het knippen van EEG data in ERP gerelateerd aan gemeten 'events.

Elke keer dat een toets werd ingedrukt werd een TTL-puls naar de recordingcomputer gestuurd (de DIO's of markers). We willen de data dus gebaseerd op de TTL-pulsen knippen. Hiervoor moeten we de data die we net hebben gemeten eerst inladen.

• Laad de data: File -- load.

We gebruiken nu de 'TTL Based cuts' sectie. De TTL-pulsen van het toetsenboard zijn opgeslagen in kanaal 9 t/m 14. Dit is afhankelijk van hoeveel markerkanalen (DIOs) je hebt gebruikt; de eerste acht kanalen zijn altijd de EEG kanalen en dan één kanaal per marker in volgorde. Met de huidige opstelling zijn er dus maximaal 14 kanalen actief (8 EEG/EMG kanalen en 6 markerkanalen).

Als het sensori-motor experiment is uitgevoerd dan heb je drie afzonderlijke taken na elkaar uitgevoerd. Als het goed is heb je daarbij op markerkanaal 9 en 10 de markers voor het eerste experiment, op 11 en 12 de markers voor het tweede experiment en op kanaal 13 en 14 de markers voor het derde experiment zien binnenkomen. Op het eerste kanaal is steeds de onset van de toon en op het tweede kanaal de daaraan gekoppelde reactie.

• Selecteer nu kanaal 12, in ons geval het kanaal waarop de marker van keypresses taak 2 zijn binnengekomen. Vul dat kanaalnummer in het eerste vakje van de Event_cutter-scherm (zie afbeelding 16).

We zijn nu geïnteresseerd in de reactie van de spieren in relatie tot de keypresses. maar ook in de korte tijd voorafgaand aan de toon.

• Knip de data daarom 256 samples (1000 ms) voor de marker onset en 128 samples (500 ms) na de marker onset. Let op, de eenheid is hier dus ‘samples’ (hoeveel samples per seconde kunnen we met dit systeem ook alweer meten?).

• Press ‘cut’, je knipt nu uit alle 8 EEG kanalen stukjes data rondom de onset van de keypress gegeven de parameters die zijn ongevoerd.
• Sla deze data op onder de oude naam maar met de toevoeging _cut (gebruik geen spaties of tekens anders dan letters, cijfers en underscores, Matlab kan daar niet tegen). Sla het op in je datafolder op de desktop.

STAP 3: BASISLIJN CORRECTIE VAN DE ERPs

Sluit nu de ‘Event_cutter’ af.

De volgende stap is een basislijn correctie van de geknipte stukjes data, de ERPs. Dit kun je doen met behulp van de ERP tool (wederom te vinden onder tools).

• Open ‘ERP tool’ in de EEG_recorder onder tools.


Afbeelding : ERP_Tool. Voor het bewerken en analyseren van ERPs.

• Laad eerst de net geknipte file (File -- Load).
• In het groene kader: De eerste twee dimensies van je dataset zijn meetpunten in de tijd en de verschillende kanalen. In de (nieuwe) derde dimensie zitten de verschillende stukjes die we net hebben geknipt. Van deze stukjes data willen we de basislijn corrigeren
• In het blauwe kader
• Channels to browse kan je op '1' laten staan. De baseline correctie is automatisch voor alle kanalen.
• Bij de onset (in sample nr!) geef je aan wat je als basislijn beschouwt en waar de onset van de marker zit.
• ONSET in sample nr: vul hier 256 samples in, dat komt neer op 1 seconde (sample frequency: 256 samples per seconde). We nemen dus de eerste seconde van elke ERP als een basislijn of controlemeting.
• Het principe van basislijn correctie: We hebben steeds 1.5 seconden data geknipt uit de hele file. Als je er vanuit gaat dat er bv een lage oscillatie met een amplitude van 100 microvolt en een frequentie van 2 Hz door de data loopt dan kan het zijn dat sommige ERPs zijn geknipt als de lage oscillatie op zijn piek is, en soms ook als de lage oscillatie in het dal zit. In het eerste geval start de ERP op 50 microVolt, in het tweede op -50microVolt. De basislijn correctie neemt nu het gemiddelde van de amplitude van de eerste seconde van elke ERP, bepaald de afwijking hiervan van '0' lijn en corrigeert de amplitude van de gehele ERP met dit getal.
• Click nu op Baseline Correction: Elke ERP, voor elk kanaal wordt nu gecorrigeerd met zijn eigen basislijnwaardes.
• Sla deze data op onder de oude naam maar met de toevoeging _bl (gebruik geen spaties, Matlab kan daar niet tegen). Sla het op in je datafolder op de desktop.

De data is nu basislijn gecorrigeerd.

STAP 4: SELECTEREN VAN DE JUISTE MARKERS

De volgende stap is het selecteren van de juiste events binnen de geknipte stukjes EEG data.

NOTE: Na alle tonen werd er ongeacht of er een key wordt ingedrukt een 'keypress' marker gecreëerd. Eigenlijk geeft de marker het 'end of trial' aan. Dus de ERPs die geknipt zijn zijn een mix van werkelijke keypresses EN het aflopen van een trial zonder dat er een keypress heeft plaatsgevonden. Haal uit je gedragsfile (de .csv file) welke markers werkelijk gerelateerd zijn aan een keypress. Deze ga je nu selecteren door de 'end of trial' stukjes data te verwijderen.

• Open ‘Array Manipulator’ in de EEG_recorder onder tools. We gaan nu rechtsonder 'Selection' tool daarvan gebruiken


Afbeelding : De selection tool binnen de Array_manipulator_Tool. Voor het selecteren van stukken data uit je file.

• Laad eerst de zojuist gemaakte basislijn gecorrigeerde file (File -- Load).

De eerste twee dimensies van je dataset zijn meetpunten in de tijd en de verschillende kanalen. In de (nieuwe) derde dimensie zitten de verschillende stukjes die we net hebben geknipt. Hier gaan we nu alleen de werkelijke keypresses selecteren door de 'end of trial' markers te verwijderen.

• Kies daarom ‘Discard’ en ‘3rd dimension’
• Vul nu alle trial nummers in die NIET geleidt hebben tot een keypress, gescheiden door een comma. Dus bv. 1,3,5,18,24
• Click op 'Apply Selection'
• De derde dimensie, links bovenin de 'array manipulator' tool, geeft nu aan hoeveel trials er zijn overgebleven!
• Sla deze data op onder de oude naam_filt_cut_bl met de toevoeging _keypresses (gebruik geen spaties, Matlab kan daar niet tegen). Sla het op in je datafolder op de desktop.

De data bestaat nu alleen uit geselecteerde trails met keypresses.

STAP 5: MIDDELEN VAN DE DATA

De volgende stap is het middelen van de data. Dit kun je doen met behulp van de Array_manipulator (wederom te vinden onder tools).

• Open ‘Array Manipulator’ in de EEG_recorder onder tools. We gaan nu de 'Average along dimension' tool gebruiken


Afbeelding : De 'Average along dimension' tool binnen de Array_manipulator_Tool. Voor het middelen van data binnen je file.

• Laad eerst de file met daarin de geselecteerde keypresses (File -- Load).

De eerste twee dimensies van je dataset zijn meetpunten in de tijd en de verschillende kanalen. In de (nieuwe) derde dimensie zitten de verschillende stukjes die we net hebben geselecteerd. Hierover willen we middelen.

• Kies daarom onder ‘Average along dimension:’ ‘3rd dimension’ en druk op ‘Average’.
• De 3e dimensie verdwijnt nu.
• De middeling heeft plaatgevonden voor alle 8 kanalen. NOTE: Dus voor de aangesloten kanalen en de rest van de kanalen.
• Sla deze data op onder de oude naam_filt_cut_bl_keypresses met de toevoeging _avg (gebruik geen spaties, Matlab kan daar niet tegen). Sla het op in je datafolder op de desktop.

De data is nu gemiddeld over alle ERPs .

STAP 6: PLOTTEN VAN DE DATA

We hebben nu 8 kanalen (alle EEG kanalen) met telkens 1500 ms data over. Deze 1500 ms zijn gemiddeld over alle signalen 1000 ms voor en 500 ms na de werkelijke onset van de keypress.

• Sluit nu ‘array manipulator af’.

Ten slotte kunnen we de data eindelijk bekijken. Gebruik hiervoor de Data_plotter (zoals gebruikelijk te vinden onder tools).

• Open ‘Data plotter’ in het Tools menu


Afbeelding : De Plotting tool. Voor het plotten van data.

• Laad je data_cut_bl_keypresses_avg file.
• Select 'Plot Columns' om één van de gemiddelde ERPs te plotten
• Set de ‘Onset (s)’ op 1 s (dan zit de '0' op de ‘X-axis’ op de plek waar de keypress onset heeft plaats gevonden).
• Die 'Onset' setting is natuurlijk compleet afhankelijk van de tijd die gekozen is tijdens het knippen!!
• Druk op ‘Plot’.
• Select nu in 'Rows/Columns to plot', de kanalen waar de beide EMG signalen zijn binnengekomen!
• Maximaliseer de plot
• EN?!.......